一、迟到罚款的做法是否合法?
迟到罚款，公司是没有这个权利的，因为根据《行政处罚法》相关规定，处罚是由具备相应职权的行政机关作出的行政行为，用人单位不是行政机关，因此单位无权对员工进行罚款。
公司既然没有对员工进行处罚的权利，那么公司的做法就是违法的，不合法的行为。但是公司虽然没有直接处罚的权利，但是其可以在绩效奖金或者全勤奖上面作出规定，比如当月迟到多久扣除多少的绩效奖金，或者迟到就没有全勤奖金等更容易被接受，而且也是合法合理性更强的方式。
值得强调的是目前，并无法律授权其可在内部规章制度内设定罚款的条款。
二、“迟到扣工资”没有法律依据
严格来说，一般的用人单位是不具有罚款权的，罚款是《行政处罚法》赋予国家执法机关的权力，比如，公安局罚款等。所以罚款属于行政处罚，公司无权规定。
事实上，罚款是一种剥夺公民财产权的行为，这在性质上属于行政处罚行为。但是相关行政法律法规明确规定，只有具备行政处罚职权的行政机关才享有对公民进行罚款的权利，而用人单位根本无权规定对公民罚款。